L'azione si svolge nell'antico Egitto, trasfigurato in una dimensione
fantastica e fiabesca.
Il principe Tamino sta fuggendo da un serpente e gli vengono incontro le tre dame della regina della notte per aiutarlo. Le dame lo presentano alla regina della notte, Astrifiammante, che lamenta il dolore per la scomparsa della figlia Pamina, rapita dal malvagio Sarastro. Tamino, affascinato da un ritratto della giovane, decide di andare con l'uccellatore Papageno a salvare la principessa. Le Dame consegnano a Tamino un flauto magico e un glockenspiel (carillon) fatato a Papageno. Tamino e Papageno si incamminano verso il Tempio di Sarastro, sotto la guida di tre ragazzi. Papageno giunge per primo al tempio e penetra persino nella stanza dove il perfido moro Monostatos tiene imprigionata Pamina. Papageno e Pamina, scacciando Monostatos, tentano la fuga. Tamino frattanto giunge di fronte a tre Templi (Natura, Ragione e Saggezza) e si confronta con un sacerdote che, oltre a smontare l'immagine di un Sarastro cattivo, pone domande a Tamino sul suo essere uomo. Tamino, sconcertato e disorientato, suona il flauto magico nella speranza di far comparire Pamina, invano. Trascinato da Monostatos, viene successivamente condotto al cospetto di Sarastro (alla presenza anche di Pamina), che lo libera e gli dice che, se vorrà entrare nel suo regno con Papageno, dovrà purificarsi. Tamino e Pamina si riconoscono e si amano da subito.
Sarastro invoca Iside ed Osiride affinché aiutino spiritualmente Papageno e Tamino, che quindi iniziano la prima prova: dovranno stare in silenzio, qualunque cosa accada. Monostatos si avvicina furtivamente a Pamina addormentata: vorrebbe baciarla, ma è cacciato da Astrifiammante che, porgendo un pugnale alla figlia, le ordina di vendicarla uccidendo Sarastro. Monostatos, non visto, ha ascoltato tutto e minaccia di rivelare l’intrigo se Pamina non l’amerà. Sopraggiunge Sarastro: dopo aver scacciato Monostatos si rivolge paternamente a Pamina e le spiega che solo l’amore, non la vendetta, conduce alla felicità. Pamina cerca di parlare a Tamino, ma il giovane - essendo ancora sottoposto alla prova del silenzio - non può. Lei credeche non l'ami più, come le ha suggerito Monostatos, ora diventato alleato di Astrifiammante e forse innamorato di lei, e, colta dal dolore, medita il suicido, ma viene fermata da tre ragazzi che l'informano dello scopo della prova. Durante questa prova, Papageno parla con una vecchina, che, poco più tardi, si rivelerà essere Papagena, una donna simile a lui, di cui si innamora. Tamino e Pamina superano le due successive prove: l'attraversamento dell'acqua e del fuoco. Ma subito dopo arrivano Astrifiammante, Monostatos e le tre dame per sconfiggere Sarastro. Un terremoto li fa inabissare, e così si celebra la vittoria del bene sul male. Pamina e Tamino vengono accolti nel regno solare di Sarastro.
Pamina e Tamino♥
